Het complex is meerdere malen gerestaureerd. Als laatste na de verwoestingen door het vergeten bombardement op Middelburg van 17 mei 1940. Onderdeel van de Abdij vormen de abdijtoren, de Lange Jan genoemd, en twee kerken, de Koorkerk en de Nieuwe Kerk. Een rondleiding door de gangen en kerken van de abdij maakt deel uit van de stadswandelingen.
Anno nu is het Zeeuws Museum in een gedeelte van de abdij gevestigd. Hier is tevens een brasserie met terras te bezoeken (waarvoor men geen museumkaartje nodig heeft). Een ander deel van de abdij wordt gebruikt voor kantoorruimten van de Provincie Zeeland.